28/06/2020

Coronavirus : personne ne peut prédire l’avenir de la pandémie et voilà pourquoi | Atlantico.fr

Quelles que soient les affirmations de certains "oracles", l’état des connaissances scientifiques ne permet pas de dégager des certitudes. En revanche, les mesures de protection, elles, sont connues et doivent absolument continuer à être déployées.Les annonces régulières sur la “deuxième vague”, sur le mystérieux R qui dépasse 1, sont assez mal comprises car l’explication des données n’est pas claire. L’épidémie n’est un phénomène gravitationnel que l’on subit comme une vague. C’est un phénomène biologique de transmission d’un virus dans une population. Ce phénomène recèle de nombreuses incertitudes.
Il évolue par phases. Comme ce virus est nouveau, la première phase est sporadique. Il s’agit de cas isolés dans une région donnée où le virus depuis son réservoir zoonotique a franchi une barrière d’espèce (de l’animal à l’homme) à la faveur d’une ou plusieurs mutations favorables. Le virus peut alors être circonscrit à cette région et même disparaître si la transmission est difficile entre les personnes et/ou si la région est isolée en raison de l’absence de mouvement de population (insularité, faible trafic aérien ou terrestre…). Dans le cas du SARS-CoV-2 le virus est très transmissible (Tableau N°1) et il est apparu dans une région extrêmement connectée au reste du monde et particulièrement à l’Europe par des vols aériens. Ainsi il a été transporté très rapidement et de manière presque synchrone par des humains grâce aux voyages depuis la zone de départ de l’épidémie, la province du Hubei et l’aéroport de Wuhan. Il s’est ensuite transmis d’humain à humain dans d’autres provinces chinoises et d’autres pays où l’immunisation était par définition nulle. Cette épidémie est devenue une pandémie avant que l’arrêt des transports aériens et l’observance des mesures de protection personnelle ne soient mises en oeuvre. En effet de nombreux porteurs du virus sont asymptomatiques mais contaminent autour d’eux plusieurs personnes. En France cette phase sporadique s’est déroulée de mars à mai (Figure N°1). Mais comment mesure-t-on la transmission?

Figure N°1: Évolution quotidienne de la mortalité de la Covid-19 en France mettant en évidence la phase sporadique et les petites résurgences qui ont suivi.

Le mystérieux R0

S’agissant d’un phénomène de transmission l’épidémie est modélisable grâce aux mathématiques. C’est d’ailleurs ce qui rend compte d’une partie de l’incompréhension. Intuitivement il est facile de comprendre un phénomène appelé linéaire en mathématique. Si je mets 1 € de côté par jour j’aurai 366 € à la fin de cette année et 365 € à la fin d’une année non bissextile. En revanche si je place cet argent à 5%/an la compréhension n’est plus intuitive car les intérêts se cumulent et il est difficile de savoir précisément combien j’aurai à la fin de l’année. En revanche je peux faire une approximation rapide, sans intérêt j’aurai 366 € et avec 5% pour 366 € déposés le premier jour j’aurai 366 + 36,6/2 €, le résultat se trouve entre les deux valeurs.
C’est exactement ce qui se passe avec toute épidémie
Si le R0 est de 5, avec toutes les différences et réserves que j’expose plus loin, le premier patient en contamine 5 et les 5 en contaminent 5 autres etc. Pour comprendre, simuler et prévoir les épidémiologistes ont créé des modèles et calculé suivant ces modèles le R0 de différents virus (Tableau N°1). Si un individu, après avoir été infecté, infecte exactement R0 nouveaux individus seulement après exactement qu’un temps T se soit écoulé, alors le nombre des individus au fil du temps se développe suivant une fonction exponentielle.
La croissance exponentielle initiale et la variation du R0
Dans les premières semaines la croissance de l’épidémie est exponentielle ce qui explique le caractère explosif des foyers initiaux en Grand Est ou en Ile de France. En réalité, au fur et à mesure une proportion variable de la population est immunisée contre le SARS-CoV-2 et une autre décède. Pour tenir compte de cela, le nombre de reproduction effectif appelé Re est calculé. Il s’agit du nombre moyen de nouvelles infections causées par un seul individu infecté au temps t de l’épidémie dans la population partiellement sensible (c’est à dire le % de Français non immunisés). En effet quand un individu infecté rencontre un individu immunisé il ne l’infecte pas au contraire de ce qui se passe au début de l’épidémie. Au début de celle ci R0= Re car le nombre de Français immunisés est quasi nul. En multipliant R0  par la fraction de la population susceptible, par exemple 40/100 on obtient le Re au temps t de l’épidémie. Lorsque la fraction de la population immunisée augmente (c'est-à-dire que la population sensible diminue) à un point tel que Re est en dessous de 1, "l'immunité collective" appelée aussi grégaire est atteinte et le nombre de cas survenant dans la population diminue progressivement jusqu'à zéro.
Ces modèles sont réductionnistes
En effet d’autres facteurs interviennent dans la transmission. Si le R0 est une donnée qui caractérise un virus il peut être modifié par l'éloignement interpersonnel, et les mesures de protection personnelle comme les masques, lunettes et l’hygiène. Le Re est donc variable avec l’immunisation de la population mais il l’est aussi dans l’autre sens si des conditions très favorables à la transmission sont créées comme dans un bateau de croisière (cas du Diamond Princess). La réalité est souvent plus complexe et il faut examiner les annonces de la presse en la matière avec beaucoup de circonspection c’est à dire en tenat compte d’une grande incertitude.
L’incertitude est aussi exponentielle
Comme dans un sondage politique le R0 ou le Re ne sont connus qu’approximativement en fonction de certaines hypothèses et il est possible de calculer un intervalle de confiance. S’agissant d’une fonction exponentielle et sans entrer dans les détails on comprend que cet intervalle peut être très important et que les prévisions des modèles en matière de nombre d ecas ou de nombre de cas graves ou mortels soient de même extrêmement variables, surtout lorsqu’on s’éloigne du moment présent. c’est le procès fait aux modèles du début de l’épidémie et il est bien évidemment infondé puisque la nature même du phénomène explique qu’il puisse y avoir une fourchette de prévisions très large. Ce qu’il faut retenir c’est que comme pour d’autres paramètres la transmission et le nombre R sont des variables recelant une incertitude non négligeable et que les mesures très simples de protection personnelle sont très efficaces pour infléchir l’épidémie.



Tableau N°1: Valeurs de R0  pour des maladies infectieuses virales bien connues (adapté et modifié à partir de https://en.wikipedia.org/wiki/Basic_reproduction_number)

La pandémie suit son cours, le virus devient endémique

Les systèmes de surveillance sont en alerte dans le monde et les foyers de résurgence sont vite reconnus.
En France nous disposons d’informations plus précises sur les paramètres de la présence du virus de la part de Santé Publique France depuis environ 3 semaines. Pour autant peu d’études ont été publiées sur le % de personnes séro-converties dans les différentes régions et départements du pays. C’est pourquoi le Re (R effectif) est calculé avec une marge d’incertitude importante qui n’est jamais précisée soit dit en passant. Dans ce contexte il faut traiter les résurgences en utilisant les deux armes à notre disposition:
-l’action ultra-rapide des 3T en sachant que depuis peu une entreprise une administration ont intérêt à utiliser les test sérologiques pour faire repartir l’activité avec des équipes séro-converties ou à tout le moins négatives en portage viral. La médecine du travail doit être en première ligne dans ces cas.
-le confinement hyper sélectif de durée strictement limitée. C’est à dire une entreprise, une école ou tout autre lieu est fermé uniquement pour organiser la réouverture après la désinfection.
Les foyers sont traités de la sorte en Europe et dans le monde
Reconfinement d’un canton allemand, même chose à Lisbonne apparemment tout ceci est plutôt de bonne augure car les actions sont très précoces et ultra-ciblées. Encore une fois les résurgences sont inévitables.
Le cas de la Guyane française est  assez banal alors qu’il semble que la population ait été peut testée. Il y a je le rappelle une ARS en Guyane. Quels préparatifs ont été accomplis? Notamment en matière de lits de réanimation? Quelles actions diligentées compte tenu de la proximité du Brésil où l’épidémie est très active? Les DOM et TOM nécessitent des mesures adaptées à l’éloignement. Les ARS ont eu des mois pour ce faire.

Comment améliorer la stratégie de la réponse à la pandémie à l’avenir?

Notre stratégie doit être adaptative et intelligente.

Rappelons que dans ces circonstances la France a besoin d’une stratégie et d'ajustements rapides plutôt que d’une doctrine à réviser aussi lentement que nécessaire. La santé de notre population a aussi besoin d’actions tactiques. La nécessité absolue est de ne pas répéter les erreurs de la phase sporadique. Oui, nous reprenons le cours de nos vies mais avec une vigilance permanente. Oui, l’économie aurait pu être moins impactée si le confinement avait été court et sélectif. Le temps de mettre en place des mesures mais pas plus c’est à dire une à deux semaines. Nous savons que l’incurie et l’impéritie ont couté cher. Aujourd’hui on observe une réelle crise de confiance. Il y a deux “camps” qui accumulent les données (articles de presse, vidéos, données fragmentaires ou manipulées) de manière totalement sélective pour justifier la thèse à laquelle ils adhèrent a priori. Ceux qui sont dans le déni de la pandémie, les oracles de la petite grippe et ceux qui veulent entraver l’économie au nom de la prééminence de la santé. Ces deux camps représentent la même dérive binaire dangereuse qui consiste à refuser la réalité complexe. Le chemin de crête est celui de l’intelligence de la pandémie et des actions rapides et sélectives contre la transmission tout en laissant fonctionner tout ce qui est “covid-19 compatible” dans l’économie. Pour cela il faut en France faire le contraire de ce que nous avons fait et que nous continuons dans une certaine mesure à faire.
C’est tout d’abord prévenir la transmission par les mesures de protection
Nous n’avons pas de traitement antiviral et nous attendons un vaccin. C’est dire que nous devons tout miser sur la transmission. Les mesures sont connues mais les incohérences des déclarations gouvernementales ont effondré la confiance dans un pays déjà peu enclin à l’observance comportementale. Quelles sont les mesures de protection personnelle?
1/ Éloignement interpersonnel
2/ Port du masque et de lunettes dans les espaces clos ou sans éloignement certain
3/ Hygiène corporelle et hygiène de vie
Contrairement à ce qui a été largement diffusé, fumer est associé à 120% de risque supplémentaire d'avoir une forme grave de la Covid-19. L’étude initiale était erronée pour des raisons de traitement statistique. Les différentes études suivantes, qui sont convergentes dans l’association avec un sur-risque n’ont pas bénéficié de la même publicité. Bizarre.
4/ Alimentation saine
La consommation d’alcool diminue les défenses immunitaires. La junk food et l’abondance des sucres rapides aussi. C’est vraiment le moment de changer.
5/ Activité physique
l’activité physique améliore les défenses immunitaires. À cet égard la fermeture des espaces extérieurs qu’il s’agisse des parcs, jardins ou des espaces naturels a été une coercition délétère.
6/ Pour les personnes ayant une maladie chronique: équilibre du diabète, perte de poids en cas d’obésité, avis médical en cas de traitement immunosuppresseur, avis cardiologique en cas d’hypertension, avis oncologique pour les chimiothérapies en cours.
J’ai conscience en rappelant pédagogiquement les mesures de protection personnelle de faire ringard. Mais voilà ce n’est pas une “petit grip”, ce n’est pas une maladie qui tue seulement les “vieux polymorbides”. Ce cynisme aura coûté des vies.  Or il y a c’est certain depuis quelques jours une diminution de l’observance de ces mesures qui explique cette reprise de la transmission ça et là. Cela n’a rien à voir avec le “déconfinement” car il est très facile de combiner les mesures de protection et toute activité économique ou de loisir. Les immuno-fragiles qui sont des millions doivent être particulièrement prévenus de manière itérative de l’importance d’observer strictement ces mesures. les autres aussi pour les protéger. La sécu a envoyé récemment une lettre à tous ceux qui ont une affection de longue durée (ALD) pour les inciter à aller consulter “gratuitement”. Il eut été plus approprié de la part du conseil médical de la CNAM de cibler l’intervention sur les immuno-fragiles et la covid-19, dont certains sont en ALD, plutôt que de faire un appel aussi large qui s’agissant de personnes qui peuvent être en excellente santé ne peut que consommer du temps médical sans efficacité. Les bonnes intentions ne font pas les bonnes politiques, nous avons les moyens de faire des politiques sélectives plus efficaces.
C’est ensuite et toujours faire le diagnostic de la Covid-19 et des porteurs asymptomatiques pour les isoler
1/ Tester tracer et traiter par isolement tous les foyers où existent des personnes symptomatiques, c’est le rôle de la médecine générale et de tous les acteurs de la médecine ambulatoire mais aussi de la médecine du travail pour les entreprises
2/ Tester systématiquement les résidents des les établissements de personnes âgées en raison de leur fragilité et de leur extrême vulnérabilité aux porteurs asymptomatiques qu’il s’agisse du personnel ou de leur famille
3/ Tester systématiquement les personnes qui sont hospitalisées quelle que soit la cause et le personnel hospitalier afin d’éviter la contamination hospitalière des patients vers le personnel et l’inverse
Nos faiblesses dans cette stratégie sont nombreuses, l’été est l’allié du virus du point de vue des ressources humaines alors qu’il freine la réplication
Les pénuries de matériel sont derrière nous. La replication du virus est modérément entravée par les chaleurs estivales et par l’humidité. Autrement dit le virus se réplique assez mal quand il fait chaud et humide, une tendance à la saisonnalité. C’est la raison pour laquelle les experts ont viré de bord et se répandent en annonces alarmantes sur le risque de résurgence importante à l’automne.  L’immunité grégaire est assez faible. Nous ne connaissons pas précisément le nombre de personnes séro-converties (les malades ayant produit des anticorps neutralisants et les asymptomatiques ayant fait de même sans le savoir). Il y a c’est certain une partie importante de la population qui n’est pas immunisée. Pour la population en général il est donc facile de diminuer la transmission par un comportement exemplaire en particulier l’éloignement interpersonnel, le masque et les lunettes dans les endroits clos ou denses. Pour les immuno-fragiles la survenue de la période estivale est défavorable en raison du manque de personnel dans les établissements de soins et d’hébergement des personnes âgées. Ils doivent donc être mis en garde. Pour gérer les foyers de transmission dans l’ensemble du territoire il faut insister sur le risque de sommeil administratif pendant les trois prochains mois. Les “brigades” doivent fonctionner normalement, c’est à dire mieux encore, dans toutes les ARS. Les tests doivent être accélérés.

Répondre à la pandémie en alliant en même temps la réponse médicale et l’expansion économique

Plus que le virus le danger est le temps. Il rend obsolètes nos actions lorsqu’elles sont lentes à répondre à la pandémie. Indépendamment de toutes les autres erreurs, ce qui a aggravé la situation en France c’est la perte de temps à tergiverser devant un phénomène massif tel que la Chine et l’Italie l’avaient connu avant nous et que nous ne pouvions ignorer. De là sont nés des choix délétères. Le plus grave a été le confinement indifférencié prolongé de 55 jours. Pour rattraper ce retard maintenant que le virus ralentit sa progression il faut accélérer la croissance économique sans ne rien lâcher sur le plan des mesures de lutte contre la transmission. Car personne ne sait ce qui va se passer dans les mois à venir. Personne. À cet égard la France est un des rares pays où certains s’en remettent à des oracles de la pandémie tour à tour optimistes ou pessimistes pour éviter d'accepter rationnellement cette incertitude. L’approche combinée que je décris est loin de ces postures (la cynique “vous voyez bien que très peu de gens meurent sinon des vieux multimorbides” et la faussement humaniste “nous avons choisi la santé plutôt que l’économie”).
Pourquoi n’y a t il aucune contradiction dans l’approche combinée mais au contraire une synergie?
Tout d’abord parce que notre mission est de donner à chacun sa chance de survivre dans cette pandémie. Pour cela il faut des moyens d’urgence.  Il y aura de ce point de vue des lendemains très sombres après l’évaluation de ce qui s’est passé dans les établissements d’hébergement pour personnes âgées. Il faudra expliquer aux familles une telle paralysie de l’action sanitaire. Ensuite c’est l’activité économique qui nous sauve tous. Les médicaments, les machines et tous les équipements des consommables aux respirateurs et à la circulation extra-corporelle pour soigner et sauver des malades ne sont là que parce qu’il y a production, entretien, maintenance. Et ce n’est pas avec moins d’énergie moins de technologie moins d’industrie que l’on va produire à nouveau des médicaments même si nous bornons nos ambitions au paracétamol.
Il faut au contraire ne renoncer à aucune ambition économique.
Tous ceux qui sont en bonne santé ne doivent pas être interdits de vivre et de participer à la production économique dès lors qu’ils respectent la protection des personnes. Au contraire de la tendance actuelle nous pouvons avoir une croissance économique forte dans les mois et années à venir. Il faut transformer avec audace cette adversité en opportunité. mais il y a plus, si le niveau de soins n’est pas dissociable du PIB, la croissance nécessite un niveau de confiance élevé dans les capacités faire face à cette catastrophe qui entraîne un choc externe violent. Dans ce contexte le gouvernement brouille les pistes et c’est regrettable. Comment se fait il que nous soyons passés d’une période d’observance généralisée à cette situation où les acquis en matière comportementale se délitent chaque jour? Ce n’est pas autre chose qu’un laisser aller. Alors que la pandémie est encore active même si c’est une activité faible. Le lyrisme du retour au mode de vie à la française est une illusion présidentielle, terriblement contre-productive, le laxisme concernant les commerces où le port du masque et des lunettes devrait être obligatoire ne montre pas le chemin, et finalement l’incroyable bévue du ministre de la Culture qui a autorisé en contrevenant aux dispositions annoncées pour tous la “fête de la musique” selon les modalités habituelles est un signe grave de ces incohérences accumulées.  Il faut réfléchir à ces différents paramètres et refuser de se contaminer en groupe “pour oublier le virus” comme l’a titré FranceInter dans un incroyable déni. Ce genre de déni est une loterie morbide où les plus vulnérables, qui parfois l’ignorent, peuvent être sérieusement malades ou décéder même avant 65 ans.

https://www.atlantico.fr/decryptage/3590648/coronavirus--personne-ne-peut-predire-l-avenir-de-la-pandemie-et-voila-pourquoi-patient-r0-contaminations-virus-covid-19-sars-cov-2-protection-mesures-barrieres-masques-tests-guy-andre-pelouze 

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