Covid-19 : incohérences de confinement, rareté délibérée des tests, efficacité relative… | Atlantico.fr

Le docteur Guy-André Pelouze fait le point sur la réalité sanitaire française et les dernières publications scientifiques sur l’épidémie de Coronavirus.
"Beaucoup cependant espéraient toujours que l'épidémie allait s'arrêter et qu'ils seraient épargnés avec leur famille. En conséquence ils ne se sentaient encore obligés à rien" Albert Camus, La Peste, 336 p., 1947.
Confinement, le coup de canif de Lemaire à propos des librairies ou comment ruiner la cohérence des décisions pourtant tardives à propos du Coronavirus.

La lecture des propositions du ministre de l’économie au sujet de la réouverture des librairies est consternante. À l’évidence le commerce physique des livres n’est pas indispensable à la survie. De surcroît les propos cocardiers ne sont pas dignes: “Je ne vois pas pourquoi ce serait uniquement Amazon qui pourrait récupérer le marché, au risque effectivement de fragiliser les libraires". Il y a heureusement plusieurs enseignes de commerce en ligne de livres et c’est une grande chance que nous puissions acheter des livres électroniques car ainsi il n’y a aucun risque de transmission. Vouloir “sauver” les libraires en pleine épidémie non maîtrisée est un signe de confusion. De son côté Olivier Véran insiste sur la question des marchés. C’est une préoccupation réelle. Il faut tout simplement passer à un mécanisme inverse de celui qui prévaut: les clients commandent et sont servis par un vendeur sans pouvoir approcher des fruits, légumes et produits. C'est déjà ce qui se met en place et de ce point de vue la fermeture des marchés serait contre productive. Ce sont des espaces ouverts, l’éloignement inter stands peut être décidé du jour au lendemain pour ménager l’installation de ruban à distance des étals et des vendeurs de même que plus de place pour l’éloignement interindividuel des clients. Dans le même temps il veut ouvrir les boutiques de vape car ce serait dans un but sanitaire. Comme pour le tabac la livraison est la meilleure solution. Et arguer que la livraison à domicile serait en difficulté c’est accepter l’effondrement économique. Qui peut soutenir que livrer des colis est dangereux? Le bon sens semble rare. Passé ces considérations anecdotiques mais significatives revenons au flux d’informations vérifiées concernant l’épidémie et pour ceux qui veulent un résumé, il se trouve dans le tableau N°1.

Allocution liminaire du Directeur général de l’OMS lors du point presse sur la COVID-19 - 16 mars 2020

Depuis la fin décembre 2019 l’épidémie COVID-19 après avoir explosé à Wuhan se déplace vers les autres continents. Depuis que l’Italie a été touchée de plein fouet, la France est entrée dans une nouvelle phase de l’épidémie COVID-19 causée par le Coronavirus SRAS-CoV-2. La contagiosité est très active si bien que le nombre de patients nécessitant des soins hospitaliers ou de réanimation augmente considérablement. Des situations particulièrement graves existent dans le Grand Est qui rappellent ce qui se passe en Lombardie. Tout ceci est en France le signe de l’extrême aggravation de l’épidémie dans toute l’Europe. Les mêmes causes produisent, semble-t-il, les mêmes effets. Il s’agit des facteurs comportementaux qui favorisent la transmission. Les patients asymptomatiques ou pauci symptomatiques ont disséminé le virus dans tous les pays européens alors même que nous connaissions la dangerosité de l’épidémie dans la province de Hubei. Aucun contrôle intelligent aux frontières, pas d’utilisation des techniques d’IA et de quarantaine géolocalisée, pas de confinement strict précoce, une stratégie floue quant aux tests de diagnostic, un renoncement à maîtriser la transmission virale baptisé immunité collective, telles sont les raisons de l’explosion de l’épidémie en Europe. Des choix à l’opposé de ceux de la Chine baptisés décisions autoritaires, mais surtout des pays asiatiques non communistes, Taïwan, Hong Kong, Singapour, Japon et Corée du Sud.

Or ces pays ont pour l’instant réussi un contrôle de l’épidémie plus vite que nous semblons le faire. S’ajoute à ce tableau la pénurie de matériel élémentaire ou de tests valant seulement 54 €! Il est factuel de constater une incroyable impréparation des différents exécutifs et une absence inexcusable de la Commission Européenne. L’explication est complexe. D’une part l’expérience des pays asiatiques des épidémies récentes notamment le SARS en 2003 leur a conféré un avantage important. Ensuite l’observance des populations pour les comportements de prévention est différente dans les différents continents. Hygiène, absence de contact physique, éloignement interindividuel, port de masque sont massivement acceptés en Asie et d’ailleurs pratiqués lors des épidémies saisonnières de grippe. L’autre grande explication est la sous estimation du risque d’épidémie et de sa diffusion en pandémie par les moyens de transport actuels et leur massification. Les vents ont poussé les nucléides radioactifs de Tchernobyl vers l’ouest et le transport aérien a diffusé le virus par l'intermédiaire de ses voyageurs dans tous les azimuts à plus grande vitesse. D’où l’importance du contrôle intelligent des frontières que jusqu’au dernier moment (celui où nos voisins nous ont fermé la barrière) le président a refusé. Finalement ce qui domine c’est bien sur l’incertitude.

Dénombrer les contaminés, les malades asymptomatiques ou pauci-symptomatiques dépend de la pratique des tests PRC sans restriction étroite comme c’est le cas. Il y a aussi un avantage dans l’interruption de la transmission par la mise en quarantaine des contaminateurs SARS-CoV-2 positifs (qui est différente du confinement systématique). Cette incertitude permet à ceux qui décident de donner à croire qu’ils font toujours des choix scientifiques… ce n’est pas le cas, il faut considérer des avis divergents pour faire les meilleurs choix.

Tableau N°2: Dépistage, isolement, recherche des contacts: le socle de la réponse intelligente (adapté de cette publication).

Les mesures d’éloignement interpersonnel peuvent contribuer à réduire la transmission et aider les systèmes de santé à faire face. Se laver les mains et tousser dans le coude permet aussi réduire le risque pour soi-même et pour les autres. Mais à elles seules, toutes ces mesures ne suffisent pas à éteindre cette pandémie. C’est la combinaison qui fait la différence. Tous les pays doivent adopter une approche globale. Mais pour prévenir les infections et sauver des vies, le moyen le plus efficace est de briser les chaînes de transmission. Et pour cela, il faut dépister et isoler. Vous ne pouvez pas combattre un incendie les yeux bandés. Et nous ne pouvons pas arrêter cette pandémie si nous ne savons pas qui est infecté par le virus.

Nous avons un message simple pour tous les pays : testez, testez, testez. Testez tous les cas suspects.

Si le résultat du test est positif, isolez-les et trouvez avec qui ils ont été en contact étroit jusqu'à deux jours avant l'apparition de leurs symptômes, et testez également ces personnes. [REMARQUE : l'OMS recommande de dépister les contacts des cas confirmés uniquement s'ils présentent des symptômes de la COVID-19]. Chaque jour, de nouveaux tests sont produits pour répondre à la demande mondiale. L'OMS a expédié près de 1,5 million de tests à 120 pays. Nous travaillons avec des entreprises pour augmenter la disponibilité des tests pour ceux qui en ont le plus besoin. L'OMS recommande que tous les cas confirmés, même les cas bénins, soient isolés dans les établissements de santé, afin de prévenir la transmission et d'assurer une prise en charge adéquate. Mais nous sommes conscients que de nombreux pays ont déjà dépassé leur capacité à prendre en charge les cas bénins dans les services médicaux spécialisés. Dans cette situation, les pays doivent donner la priorité aux patients âgés et à ceux souffrant d’affections préexistantes. Certains pays ont augmenté leur capacité en utilisant des stades et des gymnases pour soigner les cas bénins, les cas graves et critiques étant pris en charge dans les hôpitaux.

Une autre option consiste à isoler et à soigner à domicile les patients présentant des symptômes bénins. La prise en charge à domicile des personnes infectées par le virus peut mettre en danger les autres membres du foyer par exemple en cas de confinement généralisé; il est donc essentiel que les soignants suivent les conseils de l'OMS sur la manière de prodiguer des soins dans les meilleures conditions de sécurité possible. Par exemple, le patient et la personne qui s'occupe de lui doivent chacun porter un masque médical lorsqu'ils sont ensemble dans la même pièce. Le patient doit dormir dans une chambre séparée des autres et utiliser une salle de bain différente. Désignez une personne pour s'occuper du patient, idéalement quelqu'un qui est en bonne santé et qui ne souffre d'aucune affection préexistante. Le soignant ou l'aidant doit se laver les mains après tout contact avec la personne malade ou son environnement immédiat. Les personnes infectées par le virus de la COVID-19 peuvent encore transmettre l'infection aux autres après avoir cessé de se sentir malades, et c'est pourquoi ces mesures doivent être maintenues pendant au moins deux semaines après la disparition des symptômes. Les visites ne doivent pas être autorisées avant la fin de cette période.
Pourquoi autant de personnes se sont trompées sur la dangerosité du SRAS-CoV-2?
La première grande explication de cette erreur d’appréciation est le biais de comparaison avec la grippe.

Comparer ne doit pas conduire à assimiler hâtivement. La grippe est certes due à un virus à ARN mais dès le début c'était bien une épidémie différente. D’abord en raison de l’extrême contagiosité et ensuite parce que les cliniciens nous l’ont dit très tôt les détresses respiratoires aiguës dues aux pneumonies sont plus fréquentes, plus sévères et ne concerne pas “des personnes âgées polypathologiques”. Dans ce genre de biais deux sources d’informations sont utiles pour rester rationnel. Tout d’abord la modélisation qui permet à partir de la dynamique de la maladie de constater très tôt la contagiosité. Contrairement aux modèles ultra complexes du climat par exemple qui ciblent des évènements beaucoup plus lointains, les modèles d’épidémie sont mieux connus, plus simples et ciblent un évènement en développement. C’est pourquoi la publication d’Imperial College le 17 janvier a été aussi importante. Le 12 janvier, alors que les autorités chinoises font état de 45 cas avérés, ces chercheurs estiment qu’un total de 190 à 5341 personnes selon les scénarios dans la ville de Wuhan présentent alors des symptômes proches des cas de COVID-19 avérés. Le 31 janvier l’équipe de prévision épidémiologique de Hong Kong publie un autre modèle qui ne laisse pas de doute sur l'explosion de l’épidémie (Figure N°1). C’était il y a 6 semaines. Dès lors les polémiques des sachants français sont des opinions à la mode de la “médecine des Écoles”, de croyances faussement présentées comme des faits, et finalement comme d’habitude comme des arguments d’autorité mais certainement pas factuels. Ces polémiques vont aller très loin puisque même les autorités de santé publique lâchent des mots incroyables: “pas de risque en France”, “on ne peut pas empêcher les gens de voyager”, “c’est le plus souvent une petite grippe”, “on en fait trop”... Or chaque fois que je comparais la contagiosité et la mortalité dans les résultats des statistiques compilées au jour le jour les différences mesurables étaient considérables avec ce que nous savons de la grippe. Le biais cognitif, celui de la pensée rapide prisonnière des croyances et quasi-automatique a persisté contre toute attente et va retarder notre réponse à l’épidémie.

Figure N°1 (A et B): l’explosion de l’épidémie modélisée le 31 janvier 2020.

 

Au fond il faut s'appesantir sur ces erreurs de jugement car sans en comprendre les mécanismes le risque principal est de récidiver; dans cette analyse je n’ai volontairement pas évoqué l’intentionnalité. Ce sera le rôle d’analyses ex post. Dans un événement sporadique de cette importance chacun doit souligner l’énorme incertitude, non pour ne rien faire car la menace est gravissime mais pour chercher à la réduire rationnellement. Or approcher l’incertitude c’est aussi interroger sa propre force intérieure de survie.
Les spécificités de ce virus.

Il est assez étonnant de constater que le choix d’une comparaison avec la grippe est difficile à expliquer. La grippe est due à un virus influenza et la COVID-19 à un coronavirus. La comparaison la plus logique est le SARS, le MERS ou d’autres viroses à coronavirus… L’énigme de ce choix reste entière mais ce que ne savaient pas les médecins et les biologistes chinois c’est le SARS-CoV-2 est un super coronavirus. Ce qui apparaît depuis peu dans la littérature ce sont les spécificités de ce virus par rapport aux autres coronavirus. Certaines de ses spécificités peuvent expliquer sa grande contagiosité. Par exemple ce coronavirus partage avec les autres la porte d'entrée dans les cellules qui est le récepteur ACE 2. Mais des travaux récents démontrent comment ce virus va s'attacher plus solidement à ce récepteur et augmenter les possibilités de pénétration dans la cellule pour s’y répliquer. Ce coronavirus utilise une enzyme présente chez l’homme la furine. D’autres spécificités comme un réarrangement du site d’activation du virus ont été mises en évidence. Ce qui est assez fondé est de considérer que le lien entre le virus et la cellule est beaucoup plus fort avec ce coronavirus, probablement 10 fois plus:

“McLellan dit que le SARS-CoV-2 lie ACE2 plus fortement que le virus qui a provoqué le SARS en 2003. Les recherches de Zhou montrent les changements subtils d'acides aminés qui créent des ponts salins et améliorent les interactions de van der Waals qui pourraient sous-tendre ce renforcement de l'interaction”. Toutefois on ignore encore quelle est l’importance de ces spécificités dans la transmission clinique. Cette étrange proximité entre le récepteur ACE 2 et le virus est probablement liée à une autre spécificité que partagent les autres coronavirus comme celui du SRAS: l’évolution péjorative des malades cardiovasculaires atteint par COVID-19.

Bref il n’y a pas de controverse ou plutôt il n’y a plus de controverse. La petite grippe ce n’est pas du tout la COVID-19.

Pour autant est-ce une guerre?

Je n’attache aucune importance à la responsabilité des communicants qui conseillent le président de la république car en réalité un communicant est sollicité dans un but que celui qui le sollicite expose, détaille et justifie. Le sommet de l’état est tombé d’accord sur le mot guerre et sur une répétition pédagogique. Dans une guerre il y a des humains des deux côtés et une intentionnalité de tuer. Le SARS-CoV-2 n’a aucune intention. C’est un virus à ARN c’est à dire un génome qui a précédé l’ADN donc une forme de vie très primitive. Si ces organismes vivants ont survécu c’est d’abord grâce à leur adaptabilité qui se résume en une phrase: un nombre élevé de mutations spontanées. C’est l’une de ces mutations qui a permis au SRAS-CoV-2 de sauter des chauves-souris et des pangolins à l’homme. Car rappelons le, les grands épidémies ( VIH, Ebola, Zika, SARS, MERS…) ont un réservoir inépuisable: les zoonoses. Dans ces conditions nous ne luttons pas consciemment contre le virus (nos défenses immunitaires s’en chargent sans nous demander notre avis) et le virus ne combat pas pour nous tuer mais simplement pour se multiplier. Simplement notre réflexe de survie s’est mué en ressources intelligentes pour couper la transmission. Ces ressources sont multiples mais en l’absence d’un outil médicamenteux il s’agit d’abord de comportements individuels adaptés. Dans d’autres espèces l’animal qui héberge le virus peut être totalement asymptomatique si bien que notre vulnérabilité est préoccupante. Tout au plus peut on parler de revanche du monde ancien de l’ARN à propos des conséquences de cette épidémie chez l’homme. Mais c’est déjà très finaliste. En réalité l’image est erronée car il y a bien un adversaire de notre stratégie de survie mais ce n’est pas le virus: ce sont ceux et celles qui font preuve d’hubris ou de cécité à quelque niveau de pouvoir qu’ils soient.
À propos de la Chloroquine

Comme pour d’autres sujets les traitements antiviraux sont l’objet de spéculations. La chloroquine un antipaludéen est connu pour avoir une action antivirale d’ailleurs pléiotrope. Cette activité a été observée la plupart du temps in vitro ce qui ne préjuge en rien de l’efficacité clinique et peut même être à l’opposé de cette dernière.

"Les résultats de plus de 100 patients ont démontré que le phosphate de chloroquine est supérieur au traitement contrôle en bloquant l'exacerbation de la pneumonie, en améliorant les images pulmonaires, en favorisant la disparition du virus et en raccourcissant l'évolution de la maladie".

Pour autant rien n’est certain car nous n’avons pas accès aux données et que les essais en cours ou en évaluation intermédiaire n’ont pas été publiés. Un commentaire de ces avis autour de la chloroquine vient d’être publié:

“En conclusion, l'option d'utiliser la chloroquine dans le traitement du SARS-CoV-2 doit être examinée avec attention à la lumière des récentes annonces prometteuses, mais également de l'effet potentiellement néfaste du médicament observé lors de précédentes tentatives de traitement de maladies virales aiguës. Les scientifiques rendront compte des résultats des essais provisoires actuellement en cours en Chine dès qu'ils seront disponibles. Cela devrait être fait préférablement dans une publication à comité de lecture contenant des informations détaillées pour permettre à la communauté scientifique internationale d'analyser les résultats, de confirmer dans les essais prospectifs l'efficacité du traitement proposé et de guider la pratique clinique future.” Dans un autre article du 11 mars dans International Journal of Antimicrobial Agents une équipe française écrit: “Déjà en 2007, certains d’entre nous ont souligné dans cette revue la possibilité d’utiliser chloroquine pour lutter contre les infections virales orphelines. Les essais mondiaux en cours, y compris ceux impliquant la prise en charge des patients dans notre institut, permettront de vérifier si les espoirs suscités par la chloroquine dans le traitement du COVID-19 se confirment.” Dans ce contexte il faut ajouter que la chloroquine a rappelons le des effets secondaires pouvant être très sévères certes surtout à long terme. En gros le seul résultat de cette agitation c’est la disparition des stocks de chloroquine en France. Mais hier chacun pouvait accéder sur le web à un article soumis pour publication de l’équipe de virologie de Marseille. Les premiers malades SARS-CoV-2 positifs traités par l’hydroxychloroquine y sont rapportés. Il s’agit de 20 patients traités par l’hydroxychloroquine, 16 contrôles et sur les vingt patients traités par l'anti paludéen, 6 ont reçu en plus de l'azithromycine un antibiotique. Ces résultats permettent d’envisager un essai clinique randomisé et de plus grande échelle. Pourquoi? Parce que ce qui apparaît dans cet essai non randomisé c’est que les patients traités portent moins longtemps le virus. C’est à dire que par rapport à un groupe contrôle les patients ayant reçu de la chloroquine voient leurs prélèvements à la recherche du virus devenir négatifs plus vite que ceux qui ne sont pas traités par l'anti paludéen (Figure N°2). Il faut faire immédiatement une remarque, aucune donnée de survie n’a été incluse dans cet article qui je le répète est soumis pour publication. Si bien que l’utilité de la chloroquine pourrait plutôt concerner les formes non graves et permettre de casser pharmacologiquement la transmission chez les patients testés positifs au SARS-CoV-2. En effet pour les formes graves, nous savons que le virus est certes à l’origine de la pneumonie bilatérale asphyxiante mais que d’autres facteurs liés à l’hôte conduisent à l'irréversibilité des lésions pulmonaires:

-soit des facteurs d'affaiblissement général de l’immunité comme le grand âge, les pathologies chroniques (obésité, diabète mais aussi d’autres comorbidités), c’est le cas des personnes âgées qui décèdent après que le virus ait détruit le tissu pulmonaire mais aussi le foie ou d’autres cellules possédant le récepteur ACE2. C’est la défaillance multi-organes.
-soit des facteurs liés à une réaction inflammatoire et immune dépassant son objectif. Dans ce cas la réponse vient entraver la fonction d'échange des gaz dans le tissu pulmonaire conduisant à des lésions irréversibles. C’est plutôt le cas des patients jeunes et dans ces cas nous sommes particulièrement démunis. Wait and see.

Figure N°2: Évolution de la présence de virus dans les prélèvements nasopharyngés chez les patients de cet essai non randomisé sur l’hydroxychloroquine

Finalement nous avons peu de moyens spécifiques de traitement. Il nous reste à faire preuve d’une authentique audace même si c’est déjà tard.

- Augmenter l’offre de soins spécifique aux catégories de malades de la COVID-19, les paucisymptomatiques qui doivent être placés en quarantaine, les sérieux qui doivent être hospitalisés et les graves qui nécessitent une place en réanimation. C’est pourquoi il faut redimensionner TOUS les lits d’hospitalisation publics, privés et militaires, sans aucune distinction des secteurs mais avec une seule préoccupation s’adapter très vite aux nécessités géographiques et aux structures disponibles. Dans le grand est cette mutualisation des ressources n’a pas fonctionné alors qu’il y avait des lits de réanimation libres dans les hôpitaux privés.

- Impliquer immédiatement toutes les entreprises françaises pour qu’elles produisent ce dont le pays a besoin maintenant car elles seules peuvent se transformer rapidement et efficacement. Cela signifie remettre en action et/ou produire ou réparer le plus de respirateurs, en acheter d’occasion et suspendre les certifications actuelles, produire massivement des tests, produire massivement du matériel pour casser la transmission et d’autres produits essentiels dans la supply chain des soins notamment des antibiotiques et dans le cas contraire en acheter sur les marchés.

- Ouvrir les données anonymisées du système de soins aux chercheurs ce qui n’est toujours pas fait à cause de l’opposition de la sécu. Missionner en urgence les équipes universitaires pour développer avec l’intelligence artificielle et les solutions technologiques une sortie intelligente du confinement pour les entreprises. Le tableau de bord accessible en ligne sur l’épidémie en France avec toutes les données et une actualisation permanente vient d’être fait par une entreprise américaine mais la concurrence ne nuit pas. Accélérer le reporting des données cliniques et multiplier les appels à projet sur le sujet.

Tous les français l’ont compris, ce n’est pas un film de Netflix dont la durée et la fin sont connues, c’est une épidémie réelle et grave qu’il va falloir maîtriser durant des mois tout en maintenant le pays en état de marche c’est à dire au travail. Car après l’échec de ces dernières semaines dans l’arrêt de la transmission il faut éviter l’effondrement économique dû à un manquement civique et une inorganisation.

Retrouver l'analyse du Dr Hélène Payet sur les modes de contaminations du Coronavirus, publiée sur Atlantico : ICI

Surce: Atlantico